وضـع بـحـرانـى و در حـال انفجار ايران كه از ادامه تبعيد رهبر نهضت اسلامى ايران ناشى مى شـد از يـكـسـو و عدم تمايل كشور تركيه به حالت تبعيد ماندن امام در آن كشور از سوى ديگر بـاعـث شـد كـه رژيـم شـاه مـحـل تـبـعـيـد امـام را تـغـيـيـر دهـد. در هـمـيـن راسـتـا و بـه دنـبـال مـذاكـراتـى كـه بـا رژيـم عـراق انجام گرفت ، امام در تاريخ سيزدهم مهر ماه 1344 از تركيه به عراق تبعيد شده و مورد استقبال گرم و پرشور مردم و علماى نجف قرار گرفت و از آنـجـا رهـبـرى نـهـضت اسلامى ايران را با شيوه اى خاصّ به دست گرفت . هدف رژيم از تغيير مـحـل تـبـعـيـد امـام ايـن بـود كـه بـه مـردم ايـران وانـمـود كـنـد كـه ايـشـان ديـگـر در حـال تـبعيد نيست . همچنين حكومت شاه تصور مى كرد كه امام با آغاز درس حوزوى از سياست كناره گيرى كرده يا در ميان علماى فراوان نجف حذف مى شود.(328) رهـبـر قـيام اسلامى ايران ، متجاوز از سيزده سال در عراق به حالت تبعيد به سر برد. در اين مدت سراسر ايران را اختناق و استبداد خشن فرا گرفته ، ترس و وحشت در همه جا سايه افكنده بود. ساواك و ساير دژخيمان رژيم ، عرصه را بر مردم تنگ كرده ، زندانها و سياه چالها پر از مـبـارزان مـسـلمـان بـود.جـلادان و شـكـنـجـه گـران سـاواك هـر روز عـدّه زيـادى را بـا وسـائل مـدرن شـكـنـجـه اهـدايـى از اربـابـان خـود بـه قـتـل رسـانـده ، يـا مـعـيـوب و نـاقـص العـضـو مـى كـردنـد. بـا ايـن حال ، امام هيچ گاه دست از مبارزه با رژيم برنداشته و در موقعيتهاى مناسب با پيامهاى روشنگر خود به هدايت و رهبرى مردم و افشاگرى رژيم مى پرداخت .(329)
طرح تئورى ، حكومت اسلامى (ولايت فقيه )
رهـبـرى قـيـام كـه پـس از حـوادث اسـفـار پـانـزده خـرداد و مـسـاءله كـاپـيتولاسيون ، مُصمم به سـرنگونى رژيم شاه و تشكيل حكومت اسلامى شده بود، تصميم گرفت كه ابتدا طرح تئوريك حـكـومـت اسـلامـى را ارائه داده و بـر مـبـنـاى آن اقـدام بـه تـشـكـل و سـازمـاندهى و رهبرى نيروهاى طرفدار حكومت اسلامى كند، چرا كه براى انجام هر كار ساده اى نياز به طرح و برنامه دقيق مى باشد و براندازى ساختار سياسى موجود و ارزشهاى حـاكـم بـر آن و پـى ريـزى يـك نـظـام سـيـاسـى ، اجـتـمـاعـى و اقـتـصـادى بـر مبناى ارزشها و اصـول حـاكم بر اسلام ناب محمّدى (ص ) خود ايجاب مى كرد كه بررسى دقيق و همه جانبه اى صـورت گـيـرد تـا بـه كـمـك آنـهـا بـتوان اسلام را به عنوان يك راه و روش سودمند اجتماعى و سياسى و مفيدتر از طرحهاى محصول تفكر انسانها، نشان داد.(330) تـبـعـيـد در نـجـف و شـروع درس حـوزه ، فـرصـت مـناسبى براى امام پيش آورد تا در بحث فقهى (مـكـاسـب ) بـه مـوضـوع اصـلى و زيـر بـنايى (ولايت فقيه ) پرداخته ، طرح نظرى حكومت اسلامى را بيان كند. اين بحث علمى در دوران اختناق و خفقان محمد رضا پهلوى نه تنها حوزه هاى عـلمـيـه و مـحـافـل روحـانـيـت را بـا بـيـانـى مـسـتـنـد و فـقـهـى بـه اصـل تـفـكـيـك ناپذيرى دين و سياست متوجه كرد، بلكه محيطهاى دانشگاهى را با نظام سياسى اسلام به عنوان طرح تئوريك حكومت اسلامى آشنا كرد، تا روح خودباختگى روشنفكران مسلمان و مـتـعـهـد را در بـرابـر فرضيه هاى غربى تشكيل حكومت ، از بين ببرد و آنها احساس بى نيازى فكرى و سياسى نسبت به بيگانگان داشته باشند.(331) نـظـرات فـقـهـى امـام درباره ولايت فقيه يا تشكيل حكومت اسلامى پس از جمع آورى و تدوين به صـورت كتاب در آمده و در ايران در سطح وسيعى توزيع شد تا پيروان و مريدان ايشان آن را بـه عـنـوان يـك الگـو و راهـنـمـاى تـشـكـيل حكومت در آينده در اختيار ديگران قرار داده ، اقدام به تـشـكـيـلات و سـازمـانـدهـى نيروهاى مسلمان و مذهبى كنند. اين نظرات امام ، رهنمود مناسبى براى طـرفـداران حـكـومـت اللّه در ايـران شـد كـه پـس از پـيـروزى انـقـلاب اسـلامـى در سـال 1357، بـه صـورت