پس از واقعه نهروان، حضرت على(عليه السلام)شيعيان را از جنگ با خوارج نهى كردند و فرمودند:لاتُقاتِلوا الخوارجَ بعدى; فليسَ مَنْ طَلَب الحقَّ فَاخطأهُ كَمَنْ طَلَبَ الباطلَ فأدركَهُ.(33)پس از من با خوارج نبرد نكنيد; زيرا كسى كه در جستوجوى حق بوده و خطا كرده همانند كسى نيست كه در پى باطل بوده و آن را يافته است.امام على(عليه السلام) با اين دستورالعمل، به شيعيان خود اعلام كردند كه جنگ و مبارزه بايد با دشمن اصلى دين; يعنى امويان باشد و هرگونه مبارزه عليه خوارج، كه با امويان درگير بودند، به سود بنى اميّه و به ضرر جامعه اسلامى و تضعيف بنيه مسلمانان و تقويت قواى بنى اميّه تمام مى شود و اين يعنى خيانت در حق اسلام و امّت اسلامى. از اين رو، حضرت، شيعيان را از اين عمل بازمى داشتند.(34) اما چنين دستورالعملى از ناحيه برخى شيعيان رعايت نگرديد.(35)نه تنها اميرالمؤمنين(عليه السلام) شيعيان را از نبرد با خوارج بازمى داشتند، بلكه امام حسن(عليه السلام)نيز با سيره عملى خود، چنين نبردى را ناپسند دانستند. هنگامى كه امام(عليه السلام)پس از صلح با معاويه، عازم مدينه شدند، خوارج شورش خود را آغاز كرده بودند. معاويه طى نامه اى از امام(عليه السلام)خواست تا مأموريت جنگ با خوارج را به عهده بگيرند، ولى امام(عليه السلام) در جواب نوشتند:اگر مى خواستم با كسى از اهل قبله بجنگم، از تو شروع مى كردم.(36)امام سجّاد(عليه السلام) نيز به پيروى از امامان پيش از خود، در عصر امامت خويش، هيچ موضعى عليه خوارج نگرفتند و با اين كه آنان گروهى منحرف و داراى عقايد باطل بودند، حضرت نه درگيرى هاى آنان را تأييد كردند و نه آنان را انكار نمودند.