پس از رحلت آيت الله بروجردى، امام خمينى كه از جسورترين منتقدان شاه بود، در مقام مرجعيت تقليد قرار گرفت. وى با ارائه ديدگاهى پويا و نيرومند از اسلام، توانست موج جديدى از مخالفت ها را بر ضد نظام سياسى رهبرى كند. اين موج از ابتداى دهه 40 دولت را در اجراى برنامه هاى رفرميستى خود دچار چالش ساخت. قرار گرفتن مرجعيت شيعه به عنوان رهبران متنفذ مذهبى، در فرآيند مبارزه برضد نظام استبدادى و استيلاى خارجى، فصل جديدى در روابط رژيم سياسى و آنان ايجاد كرد. از اين زمان مناسبات علما با دولت دچار دگرديسى هاى عميقى شد. آنان به دولت به عنوان تشكيلاتى كه اساساً با اسلام مخالف است، مى نگريستند. در پرتو مبارزات سياسى نيروهاى مذهبى، تأمل در انديشه هاى سياسى شيعه، توسط شخصيت هاى انديشمند و مصلح اجتماعى، مانند استاد مطهرى، دكتر شريعتى و ... و تبيين ايدئولوژى انقلابى توسط آنان، ظرفيت انقلابى را افزايش داد. شروع بحث هاى امام خمينى درباره حكومت اسلامى در نجف (1348) و ارائه الگوى نظام دينىِ جايگزين نظام شاهنشاهى، پيش درآمدى براى انقلاب اسلامى به شمار مى آيد كه رهبران دينى تا سرنگونى شاه آن را پيش برده و فرآورده آن، يعنى نظام جمهورى اسلامى را با اقبال عمومى رو به رو ساختند. مشاركت وسيع توده مردم به عنوان عنصر اساسى در برپايى اين جنبش، ناشى از توانايى روحانيت در بسيج گسترده آنان بود. مساجد مهم ترين پايگاه آموزش هاى مذهبى بود كه توانسته بود زمينه هاى اعتراضات عمومى را فراهم سازد. با نگاهى به كارنامه مساجد در ميان خيل اسناد ساواك، سهم به سزاى آن در تجهيز نيروهاى مذهبى مخالف رژيم آشكار مى گردد[س ش 235 و 236]. شهربانى كل كشور از: پليس تهران شماره: 9511/3 به: رياست اداره اطلاعات تاريخ: 30/2/52 موضوع: افتتاح مسجد جاويد پيوست ............... عطف به شماره3256 ـ 2 ـ 654 ـ 20/2/52 طبق گزارش كلانترى 5 مسجد مزبور ساعت 19 روز 20/2/52 با برگزارى نماز جماعت توسط آقاى مفتح پيشنماز مسجد و سخنرانى آقاى شيخ فضل الله محلاتى افتتاح و اضافه شده در مراسم افتتاح آقايان فلسفى و فخرالدين حجازى نيز كه جزء وعاظ ممنوع المنبر مى باشند حضور داشته اند عليهذا مراتب جهت استحضار بدينوسيله اعلام مى گردد.س رئيس پليس تهران ـ سرهنگ ستاد مولوى از طرف سرهنگ ساعتساز (سند شماره 235) شهربانى كل كشور (تلفن ..........) از: كميته مشترك ضدخرابكارى شماره: 3298/95 ـ 524 به: رياست پليس تهران تاريخ: 18/9/51 موضوع: مساجد هدايت و الجواد و حسينيه ارشاد پيوست ........... همانطورى كه اطلاع دارند از فعاليت مساجد هدايت و الجواد و حسينيه ارشاد كه اقدامات آنها مخالف مصالح كشور بود جلوگيرى به عمل آمد تا با مذاكره با مسؤولين مساجد و حسينيه مزبور اقدامات آنها در آينده با مصالح كشور هماهنگى داشته باشد عليهذا نظر به اينكه توافق هايى كه با واقفين و هيأت مؤسس مساجد و حسينيه موصوف به عمل آمده از اين به بعد كليه مسائل مربوط به اين سه مؤسسه مذهبى زيرنظر مستقيم سازمان اوقاف خواهد بود و سركار سرهنگ خديوزاد به نمايندگى از طرف سازمان اوقاف بر فعاليت ها و هرگونه فعل و انفعالات مساجد هدايت و الجواد و حسينيه ارشاد نظارت مستقيم خواهد داشت. خواهشمند است دستور فرمائيد ضمن هرگونه همكارى و ايجاد تسهيلات لازم جهت سركار سرهنگ خديوزاد در زمينه مساجد و حسينيه مورد بحث اقدامات بعدى در مورد فعاليت مجدد مساجد و حسينيه مزبور را به نظر ايشان انجام دهند. معاون كميته مشترك ضدخرابكارى ـ سرلشكر جعفرى گيرنده: رياست اداره اطلاعات جهت اطلاع (سند شماره 236) مبارزات روحانيت به دليل نفوذ زياد اجتماعى و فراگير ساختن مبارزه در ميان توده مردم و خارج ساختن آن از شكل صنفى و سازمانى كه در رأس آن رهبرى نيرومند امام خمينى، قرار داشت جنبش عظيمى به راه انداخت كه به رغم ضربات مستمر از سوى رژيم سياسى، سرانجام نظام شاهنشاهى را ساقط كرد. تهديد ديگرى كه رژيم را دچار نگرانى ساخته بود، فعاليت سازمان هاى چريكى و اقدامات مسلحانه آنان بود. جنبش مسلحانه در ايران معاصر از فداييان اسلام آغاز گرديد و پس از سركوب قيام پانزده خرداد در سال 42، توسط هيأت هاى مؤتلفه و حزب ملل اسلامى ادامه يافت، اما به دليل سركوب خشن و جدى رژيم اين سازمان ها عمر كوتاهى داشتند و اعضاى آنها دير زمانى در بازداشتگاه ها به سر مى بردند، تا اينكه فعاليت مجدد خود را در اواخر دهه 40 آغاز كردند; اما شكل مبارزات و نحوه برخورد رژيم با آنان، بر شكل گيرى جنبش هاى چريكى پايدارتر دهه 50، تأثير به سزايى بر جاى گذاشت. مبارزات چريكى در اين دوره به شكل وارد ساختن ضرباتى به منابع و تأسيسات نظامى و اقتصادى و همچنين مورد هدف قرار دادن شخصيت هاى سياسى رژيم و عناصر خارجى، ادامه يافت; اما آنچه قابل تأمل است، بى توجهى به نقش مردم و عدم جلب حمايت هاى مردمى در مبارزات آنان بود. از آنجا كه مردم عامل تعيين كننده سرنوشت مبارزه مسلحانه هستند، بدون پشتيبانى آنان جنگ چريكى ناكام مى ماند. گروه هاى فوق، هيچ گاه در فراگير ساختن مبارزات در ميان توده هاى مردم موفقيتى كسب نكردند و از اين بابت ضربات جبران ناپذيرى را متحمل شدند. مشكل ديگر اين سازمان ها مربوط به ايدئولوژى آنها بود. برخى از آنان ماركسيست بودند و برخى ديگر، مانند مجاهدين خلق اگرچه مذهبى بود، ولى به دليل گرايش هاى ماركسيستى شان كه بعدها آنها را دچار فروپاشى ساخت، در جامعه مذهبى ايران نفوذى نداشتند و در نهايت موجب ناكامى آنان در فرآيند انقلابى شان گرديد. در كنار نيروهاى سياسى فوق، گروه هايى بودند كه در حقيقت نوعى ائتلاف بودند، تا يك حزب سياسى; كه مبارزات خود را در چهارچوب قانون اساسى شكل داده بودند. اينان اصلاح رژيم را در چهارچوب قانون خواستار بوده و مبارزات مسالمت جويانه و پارلمانى را دنبال مى كردند و هيچ گاه براى تغيير نظام سياسى اقدام مؤثرى انجام ندادند. فعاليت هاى جبهه ملى در اين راستا قابل ارزيابى است.