لايخالف المصحف الموجود في سوره وآياته، وإنّما يختلف في ترتيب السور، وهذا يثبت انّترتيب السور كان باجتهاد الصحابة والجامعين، بخلاف وضع الآيات وترتيبها، فانّه كان بإشارة النبي - صلّى اللّه عليه وآله وسلّم - ، وما ذكره ابن النديم يثبت انّ القرآن كان مكتوباً في عصر النبي - صلّى اللّه عليه وآله وسلّم - كلّ سورة على حدة وكان فاقداً للترتيب الذي رتّبه الاِمام على سبعة أجزاء، وكلّجزء يشتمل على سور، وقد نقل المحقّق الزنجاني ترتيب سور مصحف الاِمام في ضمن جداول تعرب عن أنّ مصحَف عليّ - عليه السّلام - كان في سبعة أجزاء، وكلّ جزء يحتوي على سور، فالجزء الاَوّل يسمّى بالبقرة وفيه سور، والجزء الثاني يسمى جزء آل عمران وفيه سور، والثالث جزء النساء وفيه سور، والرابع جزء المائدة وفيه سور، والخامس جزء الاَنعام وفيه سور، والسادس جزء الاَعراف وفيه سور، والسابع جزء الاَنفال وفيه سور، والظاهر منه انّ التنظيم لم يكن على نسق تقديم الطوال على القصار ولا على حسب النزول، وإليك صورته:
ترتيب السور في مصحف علي - عليه السّلام -
الجزء الاَوّل الجزء الثاني الجزء الثالث الجزء الرابع البقرة يوسف العنكبوت الروم لقمان حم السجدة الذاريات هل أتى على الاِنسان ألم تنزيل السجدة النازعات إذا الشمس كورت إذا السماءانفطرت إذا السماء انشقت سبح اسم ربّك الاَعلى لم يكن فذلك جزء البقرة آل عمران هود الحج الحجر الاَحزاب الدُّخان الرحمن الحاقة سأل سائل عبس وتولى والشمس وضحيها إنا أنزلناه إذا زلزلت ويل لكل همزة ألم تركيف لاِيلاف قريش فذلك جزء آل عمران النساء النحل الموَمنون يس حمعسق الواقعة تبارك... الملك يا أيُّها المدثر أرأيت تبت قل هو اللّه أحد والعصر القارعة والسماء ذات البروج والتين والزيتون طس النمل فذلك جزء النساء المائدة يونس مريم طسم الشعراء الزخرف الحجرات ق والقرآن المجيد اقتربت الساعة الممتحنة والسماء والطارق لا أُقسم بهذا البلد ألم نشرح لك والعاديات إنّا أعطيناك الكوثر قل يا أيها الكافرون فذلك جزء المائدة