وقد أغنى الشيخ المظفّر (قدس سره) المكتبة الإسلامية بمصنّفات جليلة في شتّى العلوم، منها:1 ـ دلائل الصدق لنهج الحقّ: وهو من أنفس الكتب في بابه، طبع غير مرّة في النجف الأشرف، وطهران، والقاهـرة، وهو الذي تقرأ له هذه المقـدّمة.2 ـ شرح القواعد، وهو شرح كبير على قواعد الأحكام للعلاّمة الحلّي.3 ـ الإفصاح عن أحوال رجال الصحاح: كتاب وحيد في بابه، وهو قيد التحقيق في مؤسّـستنا، وسيصدر قريباً إن شاء الله تعالى.4 ـ شرح كفاية الأُصول للآخوند الخراساني.5 ـ حاشية على العروة الوثقى.6 ـ رسالة في فروع العلم الإجمالي.7 ـ وجيزة المسائل: وهي رسالة عملية مطبوعة تتضمّن خلاصة آرائه وفتاواه في المسائل الفقهية، كتبها لتكون مرجعاً لمقلّديه.8 ـ حاشية على رسالة السيّد أبو الحسن الأصفهاني.9 ـ حاشية على رسالته الصغيرة.10 ـ حاشية على مناسك الحجّ للسيّد أبو الحسن الأصفهاني.11 ـ حاشية على الرسالة العملية للشيخ عبـد الحسـين مبارك.12 ـ مضافاً إلى مجموعة شعره.