ارباب كليسا در قرون ميانه مى كوشيدند نه تنها متافيزيك و فلسفه ، بلكه همه علوم و فنون و نظريه هاى تطورپذير بشرى را بر متون دينى تحميل نموده رنگ الهياتى Teoloqism بر آن زنند. (128)به بيان استاد مطهرى : ( كليسا علاوه بر عقايد خاص مذهبى ، يك سلسله اصول علمى مربوط به جهان و انسان را كه غالبا ريشه هاى فلسفه يونانى و غير يونانى داشت و تدريجا مورد قبول علماى بزرگ مذهب مسيح قرار گرفته بود، در رديف اصول عقايد مذهبى قرار داد و مخافت با آن ( علوم رسمى ) را جايز نمى شمرد، بلكه به شدت با مخالفان آن عقايد مبارزه مى كرد ) . (129)افزون بر اين ، استبداد و خودكامگى ارباب كليسا، كه طى ده قرن سلطه خود را با عنوان مذهب بر مردم تحميل مى كرد و تصوير ذهنى اروپاييان از دين و مذهب را، خشونت و اختناق و استبداد تداعى كرد و زمينه هاى بروز هرگونه تفكر و خلاقيت بشرى را با تفتيش مواجه ساخت ، اين واكنش را برانگيخت كه با پيدايش اندك مجالى از دين بگريزند و به عقل بشرى پناه ببرند؛ از اين رو به گفته برخى محققان ، اُمانيزم و سكولاريزم از مشخصه هاى دوران جديد است كه از بدو پيدايش رنسانس تا كنون در غرب وجود داشته است . فكر ( اصالت دنيا ) پيش از هر چيز تدريجا فلسفه و سپس علم را از قلمرو دين جدا كرد، پس از آن همه نهادهاى سياسى و اجتماعى را از فحواى دينى تهى ساخت . در قرن نوزدهم حتى قلمرو كلام را كه فحواى دينى داشت از معنا انداخت ، و جاى آن ايدئولوژيهاى لاادرى گرانه و لاادرى گويانه و ملحدانه سر بر آمده . (130)
مؤ لفه هاى تفكر جديد و لوازم آن
1. تعميم روش معرفتى تجربى
با ظهور مارتين لوتر و تاءسيس مذهب پروتستان (1517) در برابر مذهب كاتوليك و كاستن از قدرت عظيم دستگاه پاپ و در نتيجه حصول آزادى انديشه و ظهور مكتبهاى جديد فلسفى ، مانند فلسفه تجربى فرانسيس بيكن (1561 - 1626) و كتاب ارگانول جديد وى در منطق ، كه در واقع طرح مكتب تازه اى در برابر قدما به ويژه ارستو بود كه فلسفه اش بر افكار حكومت داشت ، و همين خود زبانها را باز كرد، به دانشمندان فرصت تفكر استقلالى داد (131) و روش علمى جديدى موسوم به روش علمى - تجربى تاءسيس گرديد كه در همه جوانب حيات بشر تاءثير گذاشت .بدين روى ، از روزگار انقلاب صنعتى و توفيقات بشر در كشفيات جديد و دستاوردهاى علمى و پيدايش روش علمى جديد و تكوين فلسفه هاى نو، بسترهاى جديدى در رويارويى فرهنگ دينى غرب در برابر فرهنگ علمى جديد فراهم شد. مظاهر و جلوه هاى اين رويارويى در زوايا و ابعاد گوناگون همچون : تعارض ميان پيشفرضهاى علمى با پيشفرضهاى دينى ، تعارض ميان كشفيات علمى با ظواهر متون دينى ، تعارض ميان لوازم روانى كشفيات علمى با جزميات دينى و جز اينها انعكاس يافته است .اين موضوع از روزگار طرح تا كنون ، با فراز و فرودهاى خود، بازتابهاى مختلفى چون تفكيك قلمرو علم و دين ، توجيه ابزارى علم و دين ، تمايز زبانهاى آن دو، تفكيك تجربه دينى از تعبير بشرى ، سيال كردن معرفت دينى و تفكيك آن از دين ، عرفى يا سمبليك دانستن زبان دينى ، تاءويل متون دينى و مانند اينها را پديد آورده است كه بسيارى از آنها جنبه زبان شناختى داشته يا به گونه اى با آن مرتبط است . (132)محدودسازى علم و انديشه در چهارچوب ذهنى ارباب كليسا از يك سو، و انفجار دانش تجربى از ديگر سو، باعث گسترش فراگير متدلوژى تجربى در تمامى علوم گرديد.اين تحول فرايندهاى مختلفى را به همراه داشت كه در ذيل اشاره مى شد.