به شاگردان و اعوان و انصارش تأكيد مىكرد كه با كمال قدرت و حماسهسرايى، راجع به اين مسائل مقاله
بنويسند. در آغاز امر ديديم كه سيّد مىگفت:مادامى كه مصريها دچار چنين وضعى هستند و شجاعت كافى
ندارند و بيدار نيستند، تشكيل مجلس بىفايده است، ولى در اين روزهاى اخير مىبينيم كه براى ايجاد
حكومت ملى و تشكيل مجلس، اصرار و همه را تشويق مىكند، شايد علت اين نظر بدان جهت بود كه مىديد از
طرفى استبداد حكام فزونى گرفته و از طرف ديگر، در ظرف هشت سال، مردم پخته شده و رشد پيدا كردهاند و
بدين جهت از رأى اول عدول كرد.‹‹ خديو توفيق ›› در اواخر حكومت ‹‹ اسماعيل پاشا ›› نسبت به مرحوم سيّد با نظر تقدير و احترام
مىنگريست و سيّد در مجالس فراماسونى با وى برخوردهايى داشت و با يكديگر گفتگوهايى در ميان داشتند.مرحوم سيّد براى دوران بعد از ‹‹ اسماعيل پاشا ›› به ‹‹ توفيق ›› اميدوار بود، ولى پس از آنكه
‹‹ توفيق ›› به مقام خديوى مىرسيد، مردم سخنچين و فرصتطلب، كار خود را كردند و ‹‹ توفيق ››
تحت تأثير آنها قرار گرفته و روش ديگرى را در پيش گرفت و هيئت جوانان افراطى شده و اين جمعيت از لحاظ
عقايد دينى و دنيوى، هر دو، فاسدند، بايد تبعيد شود!در نتيجه داستان ‹‹ سقراط ›› براى ما مصريها تجديد شد، و در تاريخ 6 رمضان سال 1926 هـ . سيّد
جمالالدين و خادم امينش ‹‹ ابوتراب ›› ‹‹ فيلسوف امّى ››! تبعيد شدند، و همان روز كه مصادف با 24
اوت 1871 بود، هر دو را در كشتى بخارى كه به طرف ‹‹ بمبئى ›› مىرفت جاى دادند و كشتى راه افتاد. اين
مرحله آخرين دوران اقامت استاد در مصر است امّا بدون شك آخرين حد نفوذ مبادى اصول و افكارش نيست!
سيّد جمال الدين در هند
مرحوم سيّد به ‹‹ حيدر آباد دكن ›› تبعيد شد و اجازه نداشت كه از آنجا خارج شود و نمىتوانست در
هيچ عملى شركت كند، جز گفتگوى با واردين، مهمانان يا خواندن كتاب، يا پاسخ نوشتن بهپرسشها در
همين روزها بود كه كتاب معروف خود را در رد بر طبيعيون و بيان مفاسد آنها و اثبات اينكه اساس مدنيت
دين است و كفر مايه فساد عمران و آبادى است، تأليف كر د.سيّد اين كتاب را به ‹‹ فارسى ›› نوشت، و
سپس به زبان ‹‹ اردو ›› ترجمه شد و بعداً مرحوم ‹‹ شيخ محمد عبده ›› آن را به كمك ‹‹ عارف
ابوتراب ››، خادم مرحوم سيّد، به ‹‹ عربى ›› ترجمه كرد.اين كتاب پاسخى است بر نظريه ‹‹ داروين ›› ومكتب او، در زمينه نشو و ارتقا و مذاهب افرادى، مانند
‹‹داروين›› كه داراى چنين نظريهاى هستند. هر خوانندهاى دچار تعجب مىشود از كسى كه در چنين
بحثى وارد مىشود، در صورتى كه ورود در چنين مبحثى مستلزم آن است كه بحث كننده، مانند شخص ‹‹
داروين ›› در علوم طبيعى از قبيل ژئولوژى، بيولوژى، فيزيولوژيى و امپريولوژى (علم جنينشناسى) و
امثال اين علوم، تخصص داشته باشد.ولى اشكال سيّد اين است كه مذهب ‹‹ داروين ›› گو اينكه شخص او
ملحد نيست، موج نيرومندى از الحاد را برانگيخته است - و به هرحال مذهب مادى مىگويد:‹‹ اساس عالم
يكى است و آن ماده است و هيچ چيز ديگرى پشت سر آن وجود ندارد ››! و همين نظريه، در اين عصر موجب عصيان
و طغيان گرديده كه با صراحت مىگويند:هرچه در عالم حيات وجود دارد مظهرى است از مظاهر ماده حتى فكر و عاطفه - و مىگويند ماده فانى
نمىشود و محدود نيست و قوانين آن ابدى است بدون تغيير و تبدل، در عين حال قديم و ازلى و ابدى است و
در اين جهان چيزى وجود ندارد كه فنا بر آن عارض شود، بلكه هرچه هست تغيير و تبدل شكل است، بنابر اين
‹‹ گفته آنان)، نه روحى وجود دارد و نه روانى و نه دينى و نه خدايى!...البته اين مذهب، مذهبى است كهنه و درميان بوداييها آن را مىبينيم و همچنين نزد مصريهاى قديم نيز
اين مذهب رواج داشته است. اين عقيده در ‹‹ انقلاب كبير فرانسه ›› رونق گرفت و بسيارى از فيلسوفان
انگليسى و فرانسوى و آلمانى، اين مذهب را تبليغ كردند.عربها از قديم با اين عقيده آشنايى داشتند و
صاحبان اين عقيده را ‹‹ دهرى ›› مىناميدند. ‹‹ جا حظ ›› و ‹‹ شهرستانى ›› و ديگر مورخين
مذاهب، عقيده دهريها را تشريح كردهاند.