عيسى يكى از رهبران نهضت بود
در موقع قيام محمّد بن عبداللّه بن حسن ، محمّد بزرگان علم و سران زيديه را كه همراهش بودند به نزد خود جمع كرد و به آنها سفارش كرد كه اگر در اين جنگ كشته شوم منصب رهبرى شما شيعيان و زيديه با برادرش ابراهيم است و اگر ابراهيم كشته شد، اين مقام از آن عيسى بن زيد است .اين حديث را عبداللّه بن حمد بن عمر روايت كرده و دنبال آن اضافه كرده است :بعد از كشته شدن محمّد و ابراهيم ، عيسى به كوفه گريخت (چون ديگر نبرد مسلحانه با تعداد اندك ياران اثر مثبتى نداشت ) و در خانه على بن صالح بن حى برادر حسن بن صالح مخفى شد، و دختر او را به عقد خويش در آورد و از آن زن دخترى پيدا كرد كه در زمان حيات پدر از دنيا رفت .(882)من به اين مردم اعتماد ندارم
ممكن است بعضى سؤ ال كنند: كه با وجودى كه عيسى در شجاعت و شهامت و مناعت طبع و آزادمنشى همانند پدران و برادرانش بود و با وجود اينكه ابراهيم بن عبداللّه رهبر انقلاب (باخمرى ) بعد از خود زعامت شيعيان مبارز را به او واگذار كرده بودند چرا او با وجودى كه يارانى داشت همانند پدرش زيد و برادرش يحيى و پسر عموهايش محمّد و ابراهيم فرزندان عبداللّه بن حسن ، قيام نكرد و زندگى مخفيانه و رقت بار را بر ميدان جهاد ترجيح داد.جواب اين سؤ ال بسيار واضح و روشن است ، زيرا:عيسى مردى با بصيرت و دورانديش بود و از قيام پدر و برادر و پسر عموهايش تجربيات زيادى داشت و كاملا برنامه او روى يك سياست عاقلانه و صحيحى بود.