محمّد هيچ گاه مدعى امامت نبود و او به امامت ائمه معصومين ايمان و اعتراف داشت و نسبت به امام موسى بن جعفر و فرزندش امام هشتم ، كمال خضوع و احترام را داشت او ائمه راستين حق را مستحق امامت مى دانست و ادله و شواهدى زياد بر اين موضوع دلالت دارد و از جمله روايتى است كه ذيلا نقل مى شود:مردى به نام حيدر بن ايوب گويد: ما چند نفر در دهكده قبا بوديم و بنا بود محمّد بن زيد هم به جمع ما ملحق شود، محمّد مقدارى از موعد مقرر ديرتر به نزد ما آمد.به او گفتيم چرا دير كردى ؟ او عذر موجهى براى خود ذكر كرد.گفت : ابوابراهيم (كنيه امام هفتم ) ما را كه هفده نفر از فرزندان على و فاطمه بوديم به عنوان شهود وصيتش جمع كرد و از ما درباره امامت و جانشينى فرزندش (رضا) شاهد گرفت . سپس اضافه كرد:ابوابراهيم فرزندش (رضا) را وصى و وكيل خود معين نمود كه در زمان حيات و مماتش جانشينش باشد.آنگاه محمّد با ايمانى راسخ و استوار گفت : اى حيدر به خدا سوگند او امروز فرزندش رضا را به عنوان امامت انتخاب كرد. و همه شيعيان بعد از او بايد معتقد به امامت وى باشند. از اين روايت كاملا روشن است كه محمّد در مساءله امامت ائمه معصومين ايمان و اعتراف داشته است و آنان را دوست مى داشت .
گذشت و فداكارى محمّد بن زيد
سرگذشت جالبى كه بر فضيلت و جوانمردى و كرامت محمّد دلالت دارد. آن اينكه ابى جعفر منصور خليفه عباسى در مكه شنيده بود كه در نزد محمّد بن هشام بن عبدالملك گوهر قيمتى است . وى مى خواست به هر وسيله اى كه ممكن است از چنگ او بيرون آورد. يك روز صبح دستور داد تمام درهاى مسجد الحرام را ببندند و ماءمورينى چند گماشت تا محمّد فرار نكند و فقط يك در را باز گذارد و دستور داد، تا ماءمورين محمّد را دستگير كنند. محمّد بن هشام فهميد كه اين نقشه ها براى گرفتن خود اوست وحشت زده اين طرف و آن طرف مى رفت تا پناه و پناهگاهى پيدا كند و بلكه خود را از مهلكه نجات دهد. در بين مردم ديد جوانى كه آثار كرامت و بزرگوارى از چهره او خوانده مى شود در گوشه اى از مسجد نشسته وى اين جوان را نمى شناخت . در عين حال بهتر اين ديد كه خود را در پناه او قرار دهد و اتفاقا اين جوان شكوهمند محمّد فرزند زيد بود و محمّد بن زيد هم فرزند هشام را نمى شناخت .