اين نظريّه تأكيد مى كند كه دين فقط با ارزش ها سروكار دارد، ولى علم با واقعيّت ها; يعنى زبان دين، زبان پند و اندرز و موعظه است، امّا زبان علم، زبان كشف و بيان واقعيّت ها است، زيرا روش علم، روش تجربه و تعقّل است، ولى روش دين، روش پذيرش بدون چون و چرا است. طرفداران اين نظريه معتقدند علم و دين بايد كاملا جدا از يكديگر باشند و نه فقط موضوع و محتواى اين دو هيچ اشتراكى ندارند، بلكه شيوه هاى كسب معرفت در آنها نيز چنان ناهماهنگ است كه نمى توان هيچ گونه مقايسه اى ميان آنها برقرار ساخت; آنها هم چنين معتقدند هيچ يك از علم و دين نمى تواند به ديگرى مدد برساند. شايان توجّه است كه كسانى كه ميان علم و دين اشتراكى نمى يابند، غالباً كسانى هستند كه جز با كتب تحريف شده دينى سروكار نداشته اند. حاميان اين نظريه غالباً كسانى هستند كه نه تنها خدا و دين را باور ندارند. بلكه در شمار دين ستيزانند. «لودويك فوئر باخ» مى گفت: «مفهوم خدا، فرآورده تخيّل انسان است. خدايان، آرزوهاى بشرى هستند كه به صورت موجودات واقعى جلوه گر شده اند». وى هم چنين مى گفت: «فقط طبيعت سزاوار پرستش است». وانگهى در زمان ما طرح مسأله ناهماهنگى ميان دين و علم به دور از توطئه سياست بازان حرفه اى و دشمنان دين نيست; آنان غالباً با اديان مترقّى بهويژه اسلام، سرِ ستيز دارند. امام در وصيّت نامه سياسى ـ الهى خويش درباره جدايى دين از مظاهر علم چنين مى گويد: از توطئه هاى مهمى كه در قرن اخير، خصوصاً در دهه هاى معاصر و به ويژه پس از پيروزى انقلاب، آشكارا به چشم مى خورد، تبليغات دامنه دار با ابعاد مختلف براى مأيوس نمودن ملّت ها و خصوص ملّت فداكار ايران از اسلام است. گاهى ناشيانه و با صراحت به اين كه احكام اسلام كه هزار و چهارصد سال قبل وضع شده است نمى تواند در عصر حاضر، كشورها را اداره كند يا آنكه اسلام يك دين ارتجاعى است و با هر نوآورى و مظاهر تمدّن مخالف است و در عصر حاضر نمى شود كشورها از تمدّن جهانى و مظاهر آن كناره گيرند.