عندما شعر هارون بعدم تنفيذ طلبه في اغتيال الإمام من قبل عيسى عامله على البصرة، خاف منه أن يطلق سراح الإمام (عليه السلام)، فأمر بحمل الإمام إلى بغداد مقيّداً بالحديد، تحف به الحرس والشرطة. ساروا به مسرعين حتى انتهوا إلى بغداد، وفوراً أعلموا الرشيد بصنيعهم فأمر بحبسه عند أحد وزرائه يدعى الفضل بن الربيع.أخذه الفضل وسجنه في بيته، هكذا كانت إرادة هارون، فلم يعتقله في السجون العامة لمكانة الإمام العالية في المجتمع، وسمو شخصيته لأن الشخصيات الهامة في عهد الطاغية هارون كانت تعتقل في بيوت وزرائه وليس في السجون العامة، فقد سجن عبد الملك بن صالح عندما غضب عليه عند الفضل بن الربيع511، وكذلك سجن إبراهيم بن المهدي عند أحمد بن أبي خالد.512