در برهان تجربى، بر نوعى شهود و تجربهى احساس وجود خدا تكيه شده است، اعم از آن كه اين شهود و معرفت از آغاز در نهاد بشر تعبيه شده، يابعداً تحقق يافته است. در حالى كه برهان فطرت بر يك گرايش وجودى و يك محبت و عشق عميق و يك اميد پايدار به خداى متعال تكيه دارد كه در زمينه هاى مناسب ظهور مى كند و آنگاه از طريق تضايف و مانند آن وجود خداوند اثبات مى شود.تفاوت عمده ميان اين دو برهان آن است كه ما در برهان فطرت بر يك حقيقت ملموس در وجود خود كه هيچ جاى ترديد و خطا در آن نيست، يعنى محبت و عشق به كمال مطلق، تكيه مى كنيم و با تمسك به آن از راه تلازم عقلى، وجود كمال مطلق را به اثبات مى رسانيم; اما در برهان تجربهى دينى مستقيماً شهود و احساس خداوند مطرح شده است. اين شهود، براى شخص صاحب شهود، نيازى به اقامهى برهان باقى نمى گذارد; و براى ديگران نيز مفيد فايده اى نيست; زيرا «معرفت شهودى نسبت به حقيقت هستى، گرچه امرى است كه برهان عقلى بر امكان آن گواهى مى دهد; وليكن، اولا: شهود داراى مراتب و مراحل مختلفى است و تنها در برخى از مراحل، صاحب كشف در مرتبهى شهود، از يقين برخوردار است و شهودهاى جزئى و متزلزل حتى در حين مشاهده با يقين قرين نمى باشد. ...كسى كه از شهود بى بهره است تنها در صورتى مى تواند به مشهود ديگرى آگاهى و يقين پيدا كند كه بر وجود آن برهان اقامه نمايد و اين برهان يا به طور مستقيم بر حقيقت مشهود اقامه مى شود; مانند براهينى كه در اثبات وجود خداوند است و يا آن كه كسى پس از اثبات عصمت صاحب كشف ـ در مراحل سه گانهى دريافت وحى، حفظ و ابلاغ ـ با وساطت گفتار معصوم به نتيجه مى رسد.»(203)