كواكبى متفكرى ضد استبداد بود و با استبداد تركان عثمانى كه بر سوريه حكومت داشتند، سخت مبارزه مى كرد. او افكارش را با انتشار دو كتاب; طبايع الاستبداد و ام القرى مطرح كرد.(96) او هم چون سيد براى مهار غول استبداد، تغيير رژيم را كافى نمى دانست و آگاهى سياسى را بنياد تحوّلات مى ديد. از همين رو بالابردن شعور سياسى مردم را، نسبت به ساير برنامه هاى اصلاحى، داراى اولويت مى دانست و معتقد بود شعور سياسى را با كمك گرفتن از شعور دينى مى توان بيدار كرد. و ى توحيد را استوارترين سنگر ضد استبداد و استعمار مى دانست و براى بُعد سياسى و عملى جمله ى لا اله الا اللّه اهميت فوق العاده قائل بود. كواكبى سوء استفاده از مفاهيم اصيل و شعائر مقدس اسلامى را از برّنده ترين حربه هاى دشمنان تلقى مى كرد و تنها راه خنثى كردن آن را بالابردن شعور دينى و سياسى مردم مى دانست. و ى در بحث رابطه ى «نظم» و «آزادى»، آزادى را مقدم مى دانست و به اين دليل برخى از علماى پيشين اسلام ـ از اهل تسنن ـ را به خاطر اين كه به نظم و امنيت، بيش از حد بها مى دادند و عدالت و آزادى را فداى نظم و امنيّت مى كردند و به بهانه ى نظم و امنيت، مانع رشد آزادى مى شدند، محكوم مى كرد و اين روش را از ويژگى هاى استبداد و مستبدّان مى دانست. كواكبى كه اهل سوريه، متولّد حلب و از نسل شيخ صفى الدين اردبيلى و بنى اعمام سلاطين صفويه بود، جامع فرهنگ تركى، فارسى و عربى بود. وى نخستين كار سياسى خود را از بيست سالگى و به طور مستقل با انتشار مجله ى الشهباء آغاز كرد و با حملات تند به استبداد و خلفاى عثمانى و دفاع از حقوق سياسى و اجتماعى مردم عرب ـ به طور عموم ـ و هموطنان سورى اش ـ به طور خاص ـ محبوبيتى مردمى كسب كرد; و در لباس وكالت كوشيد مظلومان را پناه دهد و در دادگاه هاى تركان عثمانى از آنان حمايت كند. تلاش بيست و هفت ساله ى كواكبى پس از انتشار نخستين شماره ى «الشهباء»، در محيط استبدادزده ى سوريه تأثير چندانى نبخشيد و او به ناگزير در چهل و هفت سالگى به قاهره رفت. در آن جا دو كتاب معروف خود را به پايان رساند و در مسير تداوم نهضت سيدجمال الدين اسدآبادى و شيخ محمدعبده، با سيد رشيدرضا همكارى كرد. نوشته هاى كواكبى بهويژه طبايع الاستبداد در بيدارى مسلمانان عرب و حتى در نهضت مشروطيت ايران تأثير زيادى داشت. او در عين تأكيد بر اصل پيوستگى دين و سياست ـ بنا بر تعريف خود از استبداد ـ هشدار مى داد كه مستبدان همواره از دين براى استواركردن پايه هاى حكومت سوء استفاده كرده اند و از زور و زر به عنوان سلاحى برّنده براى به سكوت واداشتن مردم و به ضعف كشاندن آنان سود برده اند. كواكبى در نوشته هاى خود اصرار داشت كه قدرت هم چنان در دست مردم بماند و بزرگان و برگزيده ها به نمايندگى از آنان و به صورت شورايى، حكومت را اداره كنند. وى استبداد و دانش را ضدّ هم و غيرقابل جمع با توحيد مى دانست. بهره كشى اقتصادى را خميرمايه ى استبداد مى شمرد و معتقد بود طبيعت استبداد با روح عدل سازش پذير نيست. وى از آزادى به عنوان داروى شفابخش همه ى دردهاى اجتماعى ياد مى كرد. كواكبى در نوشته هايش به تز سيداحمدخان هندى ـ ايجاد سازگارى بين علم و دين ـ تمايل نشان مى داد و برخى كشفيات جديد را از اشارات قرآنى استنباط مى كرد. و ى كه مهم ترين مسئله ى كشورش را رهايى از استبداد عثمانى مى دانست، راهى را پيشنهاد كرد كه با تز او در زمينه ى پيوستگى دين و سياست هم سو نبود; او گفت: «خليفه بايد به رهبرى دينى مسلمانان بپردازد و در سياست دخالت نكند.» يكى ديگر از ويژگى هاى انديشه ى كواكبى اصرار بر جدايى اعراب از ترك هاست. وى تأكيد فراوانى به مبارزه ى جمعى اعراب داشت و از ناسيوناليسم عرب نيز، به طور ضمنى، حمايت مى كرد.(97)