حسنعلى منصور كه تصويب كاپيتولاسيون و تبعيد رهبر نهضت اسلامى به دست او انجام گرفته بود، در نخستين روز بهمن 1343 به دست يكى از اعضاى هيئت هاى مؤتلفه ى اسلامى، به نام محمد بخارايى ترور شد، ولى خبر آن، به طور رسمى، در هفتم بهمن، اعلام شد. با روى كار آمدن هويدا، سيل تلگراف ها از داخل و خارج به سوى دولت جديد سرازير شد. در اين تلگراف ها مراجع، علما، وعاظ، دانشگاهيان، اصناف و گروه هاى سياسى، خواستار لغو قوانين مخالف شرع و حاكميت ملت و بازگشت رهبر نهضت بودند. در اين دوره، رژيم با طرح شعار «جزيره ى امن» مى كوشيد اثر قيام مسلحانه و راه برد جديد گروهى از هواداران نهضت اسلامى را خنثى كند، ولى رگبار مسلسل رضا شمس آبادى در 21 فروردين 1344 كه در كاخ مرمر به سوى دفتر شاه گشوده شد، صدور حكم اعدام براى شش نفر از گروه محمد بخارايى، و حكم زندان براى تعداد ديگرى در دهم خرداد، نشان داد رژيم تا چه اندازه گرفتار ناآرامى و بيمناك از تحول جديد در مبارزه ى اسلامى است. جمعى از فضلا و طلاب حوزه ى علميه ى قم روز يازدهم خرداد در منزل مراجع تحصن كردند و اهداف خود را در اعلاميه اى به اطلاع ملت ايران رساندند. اين واكنش ابتكارى موجب شد علماى شهرستان ها با تلگراف و اعلاميه از متحصنين حمايت كنند و جمعى نيز به آن ها بپيوندند. در برخى شهرستان ها نيز به پيروى از طلاب قم، روحانيان در خانه ى علماى بزرگ متحصن شدند. اين تحصن بيش از سه روز طول نكشيد و با اعدام چهار تن از اعضاى گروه بخارايى در 26 خرداد، دور تازه اى از سياست سركوب آغاز شد و ده ها روحانى مبارز در قم، تهران و شهرستان ها دستگير يا تحت تعقيب قرار گرفتند. در مراسم عيد سال 1345، روحانيان مبارز قم در صحن حرم، با استفاده از اجتماع زوّار، گردهمايى سياسى ـ مذهبى برگزار كردند كه با يورش مأموران، جمعى مجروح و عده اى بازداشت شدند، ولى پس از لحظاتى كه حرم، به مناسبت تحويل سال، به حالت عادى بازگشت، روحانيان جوان و مبارز از خاموشى چند لحظه اى تحويل سال استفاده و اقدام به پخش تراكت كردند. اين نوع از جنگ و گريز تا چند شب كه زوّار به مناسبت ايام عيد در حرم حضور داشتند، ادامه داشت. شدت اختناق به گونه اى بود كه مبارزان روحانى را به استفاده از شيوه هاى ابتكارى براى بهره گيرى از امكانات اندك در برابر اعمال وحشيانه ى مأموران وامى داشت. برخى از اين ابتكارات عبارت بودند از: «استفاده از اعلاميه هاى مختلف به زبان فارسى و عربى در مراسم حج»، «بهره گيرى از مراسم عزادارى ها در ايام محرم»، «نفوذ در مجالس مذهبى كه به شدت در كنترل ايادى رژيم بود» و «ايراد سخنرانى هاى كوتاه ميان درس مراجع و مدرسان حوزه ى علميه ى قم.» البته شايعاتى را هم كه تنش هايى در آن جو خفقان ايجاد مى كرد، بايد به اين فهرست افزود. در ارديبهشت سال 1344 (آوريل 1965 م.) آقاى جن پاپانك (رئيس كميسيون حقوق بشر) در پيامى به دبيركل سازمان ملل متحد به ادامه ى تبعيد امام خمينى از سوى دولت ايران اعتراض كرد و آن را نقض آشكار ماده ى 14 قانون اساسى ايران و مخالف مقررات و تشريفات قضايى و مجازات به صِرف اتهام شمرد. در اين جريان دانشجويان خارج كشور نقش فعالى داشتند و در نتيجه ى تلاش آنان، دبيركل سازمان ملل متحد از دولت ايران خواست در زمينه ى تبعيد امام خمينى توضيح دهد.(229) اختناق و سركوب تا نيمه ى اوّل سال 1344 ادامه داشت تا اين كه در 28 دى خبر دستگيرى اعضاى حزب 55 نفره ى ملل اسلامى به طور رسمى در جرايد اعلام شد. دستگيرى اعضاى اين حزب كه در 24 مهر انجام گرفت، پرده از پوشالى بودن ادعاهاى رژيم در مورد مسلط بودن بر اوضاع و اين كه ايران جزيره ى ثبات است، برداشت و جنبش مسلحانه در نهضت اسلامى بار ديگر خواب راحت را از چشم كارگزاران رژيم ربود. و ضع بحرانى كه از ادامه ى تبعيد رهبر نهضت ناشى مى شد و تمايل نداشتن تركيه به ادامه ى حضور امام در آن كشور، رژيم را وادار كرد محل تبعيد امام را تغيير دهد. بر اين اساس، طى مذاكره ى پنهانى، عراقى ها در برابر تعهد ايران به دخالت نكردن در سرنوشت، آزادى و مدت اقامت امام، با انتقال وى به آن كشور موافقت كردند. و رود امام به عراق، در 13 مهر 1344 (نهم جمادى الثانى 1385) كه ابتدا به صورت ناشناس انجام گرفت، استقبال بى سابقه اى را به دنبال داشت. امام پس از توقف كوتاه در كاظمين، براى زيارت مرقد مطهر امام هادى و امام حسن عسگرى(عليهما السلام) به سامرا رفت و با استقبال با شكوه مردم و حوزه ى علميه ى سامرا روبه رو شد. روز بعد مردم كربلا، براى استقبال از امام، خود را تا ده ها كيلومترى بيرون شهر رساندند و امام پس از توقف يك هفته اى در آن شهر، به نجف اشرف رفت و با استقبال بى سابقه ى مردم و حوزه ى علميه ى نجف روبه رو شد. مراجع بزرگ نجف اشرف، علما، مدرسان و طلاب به ديدار رهبر شتافتند و امام نيز در برنامه ى تنظيم شده از آنان بازديد به عمل آورد. وى بازديد از طلاب را به صورت جمعى در مدارس نجف انجام داد كه در جذب آنان به نهضت و افكار انقلابىِ امام تأثير زيادى داشت. از آن پس، مراجع، علما و طلاب ايرانى طى تلگراف ها، بيانيه ها و نامه هاى سرگشاده، ضمن حمايت از نهضت امام خمينى، اقامت اجبارى ايشان را در عراق نوعى تبعيد و اسارت شمردند و خواستار بازگشت امام به ايران شدند. آنان هم چنين از دولت به خاطر برقرارى اختناق انتقاد كردند. رژيم با تغيير محل تبعيد امام كوشيد از شرايط و فضاى سنتى حوزه ى علميه ى نجف كه هر تازه واردى در آن هضم مى شد، استفاده كند و آوازه ى امام را به خاموشى بكشاند. براى خنثى كردن اين توطئه، حركتى در حوزه ى علميه ى قم جهت تعطيل كردن حوزه، به عنوان اعتراض به ادامه ى حضور اجبارى امام در عراق، آغاز شد. به دنبال آن آيت اللّه منتظرى و ربانى شيرازى در فروردين 1345 بازداشت شدند و از آن پس، تعداد ديگرى از فضلا و مدرسان دستگير و روانه ى زندان ها شدند و رژيم كوشيد با تشديد سركوب، هر نوع صداى اعتراض آميزى را خفه كند.