اخبار مربوط به دستگيرى رهبر نهضت اسلامى ايران، قيام 15 خرداد و كشتارهاى شهرهاى مختلف ـ به رغم سانسور شديد ـ در مدت كوتاهى در سراسر كشور پخش شد و موجى از نفرت عليه شاه به راه انداخت. خبرگزارى ها نيز قيام ملت ايران در حمايت از رهبر نهضت را به صورت گسترده مخابره كردند و عكس العمل شخصيت هاى سياسى، علمى و مذهبى را گزارش دادند كه اعلاميه ى اعتراض آميز شيخ محمود شلتوت ـ مفتى و رئيس دانشگاه الازهر مصرـ يكى از آن ها بود. در اين اعلاميه كه شش روز بعد از دستگيرى امام و فاجعه ى خونين 15 خرداد صادر شد، دستگيرى علما و اهانت به آنان به عنوان داغ ننگى بر پيشانى بشريت معرفى شد. ايشان طى تلگرافى از شاه خواست به حريم روحانيت و علماى اسلام كه پاس داران قوانين الهى اند، تجاوز نكند و هر چه زودتر علماى بازداشت شده را آزاد سازد.(227) حوزه هاى علميه ى نجف اشرف، كربلا و كاظمين نيز با تشكيل اجتماعات و ارسال تلگراف به پادشاهان، رؤساى جمهورى كشورهاى اسلامى و سازمان هاى بين المللى، حمايت از امام، و تنفر نسبت به رفتار وحشيانه ى رژيم را اعلام كردند، و خواستار آزادى فورى رهبر نهضت اسلامى شدند. مراجع تقليد در قم و مشهد و جمعى از علماى تهران و شهرستان ها نيز، هر يك به گونه اى خواستار آزادى امام شدند. اعتصاب سراسرى تهران در 21 خرداد به مناسبت هفتم فاجعه ى فيضيه، رژيم را درمانده كرد و مهاجرت مراجع قم و مشهد و علماى سرشناس شهرستان ها به تهران موجب شد، رژيم به سياست تشنج زدايى تن دهد و با نمايش آزادسازى رهبر نهضت خشم ها را فرو نشاند. رسانه هاى گروهى در يازدهم مرداد 1342، آزادى امام را به اطلاع مردم رساندند، ولى اين آزادى نمايشى در مدت كوتاهى به حصر تبديل شد، رژيم از ترس هجوم سيل جمعيت كه براى ديدار امام مى شتافتند نخست وى را به داوديه، و از آن جا به قيطريه انتقال داد و سرانجام در يك منزل شخصى كه به صورت افتخارى در اختيارش گذاشته شد، وى را تحت نظر گرفت; هرچند مردم با اطلاع از وضع امام، آرامش خاطرى يافتند و رژيم، هر يك از گروه هاى مردمى، علما و ... را به گونه اى مجبور به بازگشت كرد، اين فريب كارى نتوانست مانع تدوام نهضت شود. يكى از آثار ادامه ى حصر امام، تشكيل گروه هاى زيرزمينى در قم، تهران و شهرستان ها بود كه گاهى با نام هايى، چون جبهه ى مسلمانان آزاد، جمعيت هاى مؤتلفه ى اسلامى، مجمع روحانيون مجاهد، و زمانى بدون نام، مانند تشكيلات سرى اصفهان، شيراز، قزوين و گاهى به صورت نشريه هاى انقلابى، مانند بعثت و فرياد خودنمايى مى كرد. جامعه ى روحانيت ايران كه از مراجع، علماى مهاجر قم، مشهد، شيراز و روحانيان تهران تشكيل شده بود، در 31 مرداد 1342، انتخابات فرمايشى دوره ى بيست و يكم مجلس را تحريم، و به ادامه ى بازداشت رهبر نهضت اعتراض كردند. همان سال در 13 مهر موج اعتراض مردم تهران به يك اعتصاب تبديل شد و روز بعد ـ هم زمان با افتتاح مجلس نمايشى شاهـ تظاهرات ديگرى در خيابان هاى اطراف بهارستان انجام گرفت و ضربه ى ديگرى بر پيكر رژيم وارد آورد. محاكمه ى سران نهضت آزادى در 30 مهر ماه 1342 نيز كه به صورت يك بازى براى برگرداندن افكار عمومى از نهضت اسلامى آغاز شد، با ناكامى روبه رو شد، زيرا شركت طلاب قم و دانشجويان در اين محاكمه ها، بهويژه ملاقات هايى كه بين آن ها و آيت اللّه طالقانى در فرصت هاى تنفس جلسات دادگاه انجام مى گرفت، موجب شد اين دو جريان به يك ديگر نزديك تر و با راه و رسم مبارزه ى يك ديگر بيش تر آشنا شوند. هم چنين اعلاميه ى تاريخى اساتيد و فضلاى حوزه ى علميه ى قم ـ با پانصد امضا ـ مبنى بر حمايت از رهبر نهضت، محكوم كردن بازداشت غيرقانونى وى و اعلام ادامه ى راه امام، بار ديگر شعار «مبارزه تا پيروزى» را به گوش ملت ايران و ساير ملت ها رساند. گرچه قيام قهرآميز علماى غيور تبريز، در سيزدهم آذر ماه 1342 به دستگيرى جمعى از آنان انجاميد، سابقه ى تاريخى قيام آذربايجان در صدر مشروطيت را، در خاطره ها زنده كرد و اعتصاب چهار روزه ى مردم و اعلام حكومت نظامى بر شدت مبارزه ى آنان افزود. قيام و مبارزه، يك ماه بعد شهر مقدس مشهد را نيز فراگرفت. دژخيمان مردم را به مسلسل بستند، و جمعى از علما و طلاب را دستگير و عده اى را روانه ى سربازخانه ها كردند. در يازدهم آبان همان سال مرحوم طيب با حاج رضايى و حاج اسماعيل رضايى به عنوان عاملان قيام 15 خرداد اعدام شدند و حوزه ى علميه ى قم به خاطر تجليل از اين شهدا به حالت تعطيل درآمد. در تهران، تبريز، اصفهان و برخى شهرها مجالسى در سوگ اين غيور مردان برپا شد. شاه در آستانه ى آزادكردن امام به جابه جايى مهره ها پرداخت و در 17 اسفند عَلَم را از كار بر كنار و حسن على منصور را به نخستوزيرى گماشت. اين تحول كه گوياى ضعف دولت بود، آتش مبارزات اسلامى را شعلهورتر كرد و منصور از سوى مجمع روحانيون مبارز، به صورت رسمى تهديد شد. رژيم پس از اجراى يك سلسله آماده سازى براى جلوگيرى از ابراز احساسات مردم در برابر آزادى رهبر، سرانجام وى را در 18 فروردين 1343 آزاد كرد و با اين كه مأموران، امام را شبانه و به طور ناشناس وارد قم كردند، لحظاتى بعد طنين صلوات و موج شادى، سراسر قم را فراگرفت و مردم به سوى خانه ى امام شتافتند. پس از آزادى امام، كارگزاران رژيم بار ديگر دچار اشتباه شدند و با ايجاد جرقه اى، طوفانى عليه خود به پا كردند; روزنامه ى اطلاعات نوشت: چقدر جاى خوشبختى است كه جامعه ى روحانيت نيز اكنون با همه ى مردم، همگام در اجراى برنامه هاى انقلاب شاه و مردم شده است!!(228) از آن جا كه اين توطئه سابقه داشت و عوامل رژيم در 12 مرداد 1342 نيز تهمت همراهى را به رهبر نهضت زده بود، حضرت امام طى نطقى، در 21 فروردين 1343، رژيم را به باد انتقاد گرفت و آن را وادار به فرستادن نماينده اى جهت عذرخواهى رسمى كرد. در اين سخنرانى، امام بار ديگر به مسئله ى اسرائيل توجه كرد و رژيم را كه مى كوشيد با تبليغات گسترده نهضت را به حركت ضداسرائيلى مصر ارتباط دهد و موضع ضداسرائيلى او را خدشه دار سازد، خلع سلاح كرد. تنها ابزار تبليغاتى كه رژيم با امكانات وسيع از آن بهره مى گرفت، برچسب ارتجاع بود كه در رسانه هاى گروهى داخلى و خارجى به صورت گسترده اى از آن عليه روحانيت استفاده مى شد. در حقيقت شاه با دو قطبى كردن جريانات سياسى، خود و اصلاحاتش را قطب مترقى، و روحانيت و خواسته هاى اسلامى را قطب مرتجع معرفى مى كرد. امام در سخنرانى دوازدهم ذيحجه ى 1383 ق. در مسجد اعظم قم ـ كه در حضور شخصيت هاى مذهبى، دانشگاهى و اقشار مختلف مردم بود ـ اين دژ تبليغاتى را درهم شكست و خواسته هاى شرعى و قانونى روحانيت را تشريح، و دروغ پردازى هاى ناجوان مردانه ى رژيم را نقش بر آب كرد. امام در اين سخنرانى بر اساس يك مقابله به مثل حساب شده، از شاه به «مردك»ى تعبير كرد، كه هنوز از حرف هايش دست نكشيده و افكار اسلامى را به كهنه پرستى نسبت مى دهد. ايشان با جمله ى «اگر من هم برگردم، ملت از اسلام بر نمى گردد»، آخرين اميدهاى رژيم را به باد داد و با جمله ى «من امروز دست مراجع را مى بوسم» آرزوى نفاق افكنى ميان مراجع را به دل رژيم گذاشت، و جبهه ى روحانيت را متحدتر ساخت. علاوه بر اين، امام با نفى هرگونه رابطه و پيمان با اسرائيل از سوى روحانيت و ملت، جدايى رژيم با مردم را نيز آشكار كرد. اين سخنرانى ها به چند زبان، ترجمه و در سطح گسترده اى در خارج كشور منتشر شد. در سالگرد فاجعه ى خونين فيضيه، اعلاميه اى به امضاى رهبر نهضت، آيت اللّه ميلانى، نجفى مرعشى و قمى منتشر و روز 15 خرداد 1343 عزاى ملى اعلام شد. گرچه راه پيمايى عظيم تهران كه به ابتكار هيئت هاى مؤتلفه ى اسلامى و با نام مجاهدين راه حسين به راه افتاده بود، در مسير خود به سوى بهارستان به دست كارگزاران رژيم به شدت سركوب شد، خروش مردم مبارز به گوش ملت رسيد و آتش مبارزه را در آن شرايط شعلهورتر كرد. به دنبال محكوم شدن سران نهضت آزادى در بى دادگاه هاى شاه، رهبر نهضت طى اعلاميه اى كوبنده، در كنار محكوم كردن آراى صادره و تهديد رأى دهندگان اين بى دادگاه ها ـ بايد منتظر سرنوشت سختى باشند ـ، نظر نهايى خود را درباره ى اسرائيل و رژيم شاه اين گونه اعلام كرد: من به جميع دول اسلامى و مسلمين جهان در هر جا هستند، اعلام مى كنم كه ملت عزيز شيعه از اسرائيل و عمال اسرائيل متنفرند، و از دولت هايى كه با اسرائيل منفور در حال سازش است. ملت ايران از اين گناه بزرگ برى است. اين دولت ها هستند كه به هيچ وجه مورد تأييد ملت نيستند. حضرت امام در سخنرانى دوم جمادى الاولى سال 1384 ق. خواستار نظارت روحانيت بر فرهنگ و آموزش كشور، و ايجاد شبكه ى فرستنده ى ويژه ى روحانيت شد و سران كشورهاى عربى را به خاطر پرداختن به مسائل فرعى كه آنان را از هدف اصلى ـ آزادسازى سرزمين فلسطين ـ باز مى دارد، مورد انتقاد قرار داد.