مراد از جهاد با منافقين مقاومت و خشونت در برابر آنها است
و اما منافقين هر چند در واقع كافر و حتى از كفار هم خطرناكترند، چون از راه كيد و مكر وارد شده و كارشكنى مىكنند، ليكن آيات جهاد ايشان را شامل نمىشود، براى اينكه ايشان تظاهر به كفر و دشمنى نداشته، در عوض از ساير مسلمانان هم خود را مسلمانتر جلوه مىدهند، و با اين حال ديگر معنا ندارد كه با ايشان جهاد شود.و لذا چه بسا از استعمال جهاد در خصوص منافقين اين معنا بذهن برسد كه منظور از آن هر رفتاريست كه مطابق مقتضاى مصلحت باشد، اگر مصلحت اقتضاء داشت معاشرتشان تحريم و ممنوع شود و اگر اقتضاء داشت نصيحت و موعظه شوند و اگر اقتضاء داشت بسرزمين ديگرى تبعيد شوند، و يا اگر ردهاى از ايشان شنيده شد كشته گردند، و اگر طور ديگرى اقتضاء داشت در حقشان عملى كنند.خلاصه معناى جهاد با منافقين مقاومت در برابر كارشكنىها و نقشهكشىهاى ايشان است بهر وسيلهاى كه مصلحت باشد.و چه بسا جمله" وَ اغْلُظْ عَلَيْهِمْ" در دنبال جمله" جاهِدِ الْكُفَّارَ وَ الْمُنافِقِينَ" شاهد بر اين معنا باشد كه مقصود از جهاد غلظت و خشونت است.جمله" وَ مَأْواهُمْ جَهَنَّمُ وَ بِئْسَ الْمَصِيرُ" عطف است بر امرى كه قبل از آن گذشت، و شايد اگر جمله خبريه به عطف بر جمله انشائيه (امر) شده، مصحح آن اين بوده كه امر" و اغلظ" در معناى خبر است، و معنايش اين است كه اين كفار و منافقين مستوجب غلظت و خشونت و جهادند- و خدا داناتر است." يَحْلِفُونَ بِاللَّهِ ما قالُوا وَ لَقَدْ قالُوا كَلِمَةَ الْكُفْرِ وَ كَفَرُوا بَعْدَ إِسْلامِهِمْ وَ هَمُّوا بِما لَمْ يَنالُوا ..."سياق آيه اشعار دارد به اينكه منافقين عمل بسيار زشتى انجام داده و در ضمن عمل كلام زشتى هم به زبان آوردهاند و رسول خدا (ص) ايشان را مؤاخذه نموده كه چرا چنين گفتهايد. در پاسخ به خدا سوگند خوردهاند كه ما چنين نگفتهايم، هم چنان كه در آيه" وَ لَئِنْ سَأَلْتَهُمْ لَيَقُولُنَّ إِنَّما كُنَّا نَخُوضُ وَ نَلْعَبُ ..." گذشت كه منافقين كار زشتى كرده بودند كه آن را عنوان خوض و لعب داده و مىخواستند بگويند جز بازى منظور ديگرى نداشتيم.خداى تعالى در هر دو قضيه تكذيبشان كرده، در باره انكار قولشان فرموده:" وَ لَقَدْ قالُوا كَلِمَةَ الْكُفْرِ" آن گاه همين تكذيب را دوباره تفسير نموده و فرموده:" وَ كَفَرُوا بَعْدَ إِسْلامِهِمْ" تا كسى خيال نكند از راه مبالغه گفتيم كافر شدند، نه، جدا كافر شدند، و محكوم به كفر، بعد از اسلام گشتند.