فبعد أنْ رأى المسلمون منه ما خالف به الإسلام، وتحيزه غير المنصف إلى بني أمية، رأوا عزلهُ، ولكن زمام المبادرة أفلت من أيدي الحكام، فانتهى الأمر إلى قتله، واختاروا على أثره مولانا الإمام علياً(عليه السلام).هنا ظهر ما كان مكتوماً، وخرج ما كان في الصدور، فأخذ الخلاف السياسي شكلا جديداً لم تعرفه الأمة الإسلامية من قبل، حيث تحول من خلاف في الآراء، إلى نزاع مسلح، أُريقت فيه دماء العديد من المسلمين.فالذين تجنبوا خلافة أمير المؤمنين(عليه السلام)، لم يجدوا أسباباً في الخروج على إمامته، لأنّهم لا يملكون القدرة على القدح في عدالته، وقدرته على سياسة الناس، فتعلّلوا حينئذ بالمطالبة المسلّحة بدم عثمان بن عفان، وشهروا سيوفهم في وجه خليفة المسلمين الإمام علي(عليه السلام).واستمر هذا النزاع المسلح بين الطائفتين، طائفة الإمام علي(عليه السلام) بصفته خليفة المسلمين، وبين الطائفة الأخرى، التي لم يكن لها خليفة، ولا راية، وهذه الطائفة الأموية هي التي مثلت بعد ذلك السلطة الحاكمة، والتي وردت الروايات بوسمها بالملك العضوض تارة، والظلم أخرى، والبغي ثالثة، وغير ذلك.