اعتكف السيد محمد العمدي متصوفاً في جامع النهرين بصنعاء ممارساً ـ كما اسماه في تلك المرحلة من حياته ـ بدء دور "النقه الروحي" ليمضي بعدها سبيله في الصراع مع أمواج أفكار العالم واطروحات صراع الحضارات!وبقي على هذه الحالة حتى زاره أحد الأخوة من أصدقائه القدماء مستفسراً منه الحالة التي يمّر بها في تلك الفترة.فيقول السيد محمد العمدي: "قال لي ذلك الأخ المؤمن: ما الذي أتى بك إلى هنا؟ قد سمعنا عنك أنك قد لويت عنانك لعالم الأفكار الحديثة والمنهج العلمي المادي فما أنت وهذا المكان؟!قلت: لا عليك، أنا كما سمعت; إلاّ أنني أحببت أن أمرّ بدور "نقه روحي" لأتوثب من جديد لمواصلة طريقي في عالم الفكر الحديث وطرحه العلمي البحث (التجريبي).قال: وما زلت في مطالعاتك كما كنت؟قلت: لاقال: وكيف تدير رحى "نقهك الروحي" هذا اذن؟قلت: بما يعنيني ولا يعنيك!قال: فهلاّ عرّجت على كتاب أو كتب للصوفية تبهج روحك وتؤنس خلوتك؟!قلت: لي في كتاب الله سلوة وعزاء!قال: لجدّك الإمام يحيى بن حمزة كتاب اسمه "تصفية القلوب" فلم لا تجعله مُصفّياً لقلبك؟!