گفته شد كه: رسول الله با حدود هزار نفر از مدينه خارج شد ولى عبدالله بن ابى با سيصد نفر از وسط راه برگشتند و مسلمانان را تنها گذاشتند.جريان منافقان در عهد رسول خدا صلّى الله عليه وآله وسلّم حكايت مفصلى دارد، قرآن مجيد از وجود منافقان در مكه خبر مىدهد با آن كه: عدد مسلمين انگشت شمار بود، نه مال دنيايى در بين بود و نه تقيه اى، در سوره عنكبوت كه از سوره هاى مكى است مىخوانيم: و من الناس من يقول آمنا بالله فاذا اءوذى فى الله جعل فتنة الناس كعذاب الله و لئن جاءنصر من ربك ليقولن انا كنا معكم او ليس الله باعلم بما فى صدور العالمين و ليعلمن الله الذين آمنوا و ليعلمن المنافقين (347)معلوم است كه جريان اوذى فى الله در مكه بود كه مسلمانان را شكنجه مىكردند و از جاءنصر من الله نمى شود فهميد كه آيه مدنى است زيرا نصر منحصر به پيروزى در جنگ نيست، يك فرج و يك گشايش از جانب خدا نيز نصر ناميده مىشود.و در سوره مدثر كه يقينا از سوره هاى مكى است آمده: و ليقول الذين فى قلوبهم مرض و الكافرون ماذا اراد الله بهذا مثلا... (348).كلمه الذين فى قلوبهم مرض ظهورش در منافقين است چنان كه در مجمع البيان و الميزان آمده است و خدا درباره منافقان در سوره بقره فرمود: فى قلوبهم مرض فزادهم الله مرضا دراين رابطه اولين روايت از احتجاجات حضرت مهدى موعود صلوات الله عليه و على آبائه در جواب سؤالات سعدبن عبدالله اشعرى قمى قابل دقت است (349)قرآن مجيد از وجود منافق در جنگ بدر نيز خبر ميدهد، در سوره انفال كه در رابطه با بدر نازل شده است، بعد از اشاره به مجسم شدن شيطان و فرار او فرموده: اذ يقول المنافقون و الذين فى قلوبهم مرض غر هؤلاء دينهم... (350) در الميزان، فرموده: در آيه دلالت هست كه جمعى از منافقان و شكاكان در بدر وجود داشته اند، معنى ندارد كه بگوييم منافقان در ميان كفار بوده اند، حتما در ميان مسلمين بوده اند ولى بايد ديد چه عاملى سبب آمدن آنها در بدر بوده استپس از بدر و پيروزى مسلمانان، منافقان به تدريج زياد شده، و مصلحت را در آن ديدند كه اظهار اسلام بكنند اماه گاه گاه نفاق خويش را آشكار كرده و تزلزل نيز به وجود مىآورند، چنان كه در جريان احد ديده شد كه سيصد نفر يك دفعه جدا شده و رفتند. و در قضيه بنى المصطلق و جريان افك وضعى پيش آوردند كه اگر وحى آسمانى حيثيت رسول خدا صلّى الله عليه وآله را حفظ نمى كرد خدا مىدانست كه جريان به كجا مىرسيد و تفصيل آن خواهد آمد.شيعه و اهل سنت شك ندارند در اين كه: سوره توبه در سال نهم هجرت نازل شد و آن وقت يك سال از عمر رسول الله مىماند ولى حدود دو سوم اين سوره از منافقان صحبت مىكند، معلوم مىشود كه در اواخر عمر آن حضرت منافقان در اوج خود بوده اند لذا مساءله منافقان تا آخر عمر رسول الله صلّى الله عليه وآله وسلّم حل نشد و پيوسته در تزايد و شدت بود.ولى عجيب است كه بعد از رحلت رسول خدا صلّى الله عليه وآله وسلّم و شكست رهبريت اسلام، مدت 25 سال خبرى از منافقان در تاريخ اسلام ديده نمى شود، گوئى پس از رحلت آن حضرت، چاه ويلى كنده شد و همه منافقان در آن فرو رفته و ناپديد شدند، نقل است كه بعضى از دانشمندان اهل سنت پس از توجه به اين مساءله جواب داده كه: يك ماه به رحلت مانده همه منافقان آمده و توبه كردند وقتى كه آن حضرت از دنيا مىرفت ديگر منافقى وجود نداشت.ولى معلوم نيست اين شخص در چه فركى بوده است، مىخواسته خودش را فريب بدهد يا ديگران را! مگر نفاق مانند يك لباس است كه انسان از بدنش در بياورد و لباس ديگرى بپوشد.بايد دقت كرد: چطور شد كه با رحلت رسول الله صلّى الله عليه وآله خبر و فعاليت منافقان از بين رفت و 25 سال از آن خبرى نبود، و بعد از 25 سال چون اميرالمؤمنين به خلافت رسيد باز نفاق از نو زنده شد؟ روح مطلب اين است كه منافقن بعد از رسول خدا صلّى الله عليه وآله وسلّم آنچه مىخواستند پيدا كردند و ديدند حكومتى به وجود آمده كه مىشود با آن كنار،آمد لذا در آن جذب شده و داراى مقامهايى گرديدند و دم فرو بستند، حقيقت جز اين نمى تواند باشد.